O Conselho Superior é o órgão máximo de natureza deliberativa, normativa e consultiva, em matéria didático-científica, administrativa e disciplinar. É composto pelo Diretor Geral, Representante Episcopal da Diocese de Lorena-SP, Vice Diretor Geral, Diretor Acadêmico, Diretor Administrativo e Financeiro, um Docente de cada curso de graduação, um representante do Corpo Discente de cada curso do Instituto Superior de Educação, um Representante da Entidade Mantenedora, um Representante da Sociedade Civil e um representante dos Órgãos Suplementares.